Modalità dimostrazione tecnica: Per attivarla occorre finire in ordine le seguenti modalità: Training, Time Trial, Gun Shooting
e Survival. Ogni modalità, partendo dalla prima, sbloccherà quella successiva quindi non sarà possibile seguire un ordine diverso. Usate questo codice per guardare il video dimostrativo del gioco pre-programmato
Munizioni infinite: Dovete completare il gioco senza arrendervi alla tortura contro Ocelot, in questo modo finirete il gioco salvando meryl che vi darà appunto la bandana
Mimetica Ottica: Per giocare con la mimetica ottica (che nasconde la persona) dovete sottomettervi alla tortura di Ocelot, lasciando morire Meryl e finendo il gioco con Otacon. Ricominciate il gioco caricando un file nuovo che troverete all'interno della memory-card e già dal primo livello troverete la mimetica nell'equipaggiamento.
Telecamera segreta: Raggiungete il piano B2 tramite il primo ascensore che trovate (si tratta dell'area con tutte le stanze) raggiungete la porta che conduce allo scontro con Ocelot ma non entrate, a destra (in fondo al corridoio) piazzate un C4 e fatelo saltare per scoprirete una stanza segreta. Nella stanza si trovano due chiavi di sicurezza, una del livello 4 e una del 6, dietro alla chiave L4 c'e' una stanza, li dentro troverete una specie di telecamera. Ora Finite il gioco alternativamente, una volta sottomettendoti alla tortura e l'altra no, nel menù principale troverete una nuova sezione chiamata "Album", usate questa sezione per guardare le foto che avete scattato.
Colori Alternativi: Finite il gioco 2 volte raccogliendo sia la Bandana che la Mimetica Ottica, la terza volta che ricominciate il gioco arrivate fino al Cyber-Ninja senza usare nessuno dei due oggetti, se l'avete fatto correttamente vedrete il ninja rosso, e nel filmato finale ci saranno nuovi colori per Snake ed il Ninja.
Cambiare i costumi: Finite 2 volte il gioco con un finale sempre diverso quindi prendendo la Bandana e la Mimetica Ottica e salvate sempre sullo stesso blocco, la terza volta che eseguirete il gioco Snake avrà uno smoking nell'ascensore.
Frequenze Radio:
| Campbell/Naomi | | 140.85 |
| Mei Ling | | 140.96 |
| Master | | 141.80 |
| Otacon | | 141.12 |
| Meryl | | 140.15 |
| Nastasha | | 141.52 |
| Deppthroat | | 140.48 |
Pubblicitàdi Phsico Mantis: Giocate usando una memory card contenente uno blocco di memoria relativo ad un gioco Konami, quando Phsico Mantis leggerà nella vostra mente vi dirà ititoli dei giochi che avete salvato.
Meryl Nuda:Seguite Meryl travestita da soldato nel bagno delledonne, entro 5 secondi raggiungete l'ultima parte del bagno (il terzo water in fondo e vedrete la sequenza video con Meryl senza mutande :-P
Visuale diPhsico Mantis: Per guardare attraverso gli occhi di Phsico Mantis premete "triangolo" mentre state combattendo contro di lui.
Miglior angolazione nella Jeep: Quando siete a bordo della Jeep e state combattendo contro Liquid Snake tenete premuto "triangolo" mentre puntate per avere una miglior angolazione
Cambiare lo sfondo del menù principale: Premete il D-pad nel main menù per cambiare il colore dello sfondo
